Le calcaire qui borde la rivière Kilim a environ 450 millions d'années — bien plus vieux que les mangroves qui y poussent, un écart qui dépasse l'histoire humaine. Cette roche, la formation de Setul, est le calcaire exposé le plus ancien de Malaisie, et c'est la raison pour laquelle l'UNESCO a nommé Langkawi premier géoparc mondial d'Asie du Sud-Est en 2007. Le parc géologique de Kilim Karst couvre environ 100 kilomètres carrés le long de la côte nord-est de l'île. Les espèces Rhizophora et Avicennia s'enracinent dans les eaux saumâtres, leurs racines échasses piégeant les sédiments et abritant les poissons juvéniles. La forêt est une pépinière. Les périophthalmes traversent les rives découvertes à marée basse. Les milans brahmines et les pygargues à ventre blanc nichent dans la canopée au-dessus. Les poissons-archers crachent sur les insectes le long de la ligne de flottaison. Un bateau privé pour une excursion dans les mangroves de Langkawi se faufile dans des canaux à peine plus larges que la coque, où le karst se referme au-dessus et où l'eau prend la couleur d'un thé léger. L'utilisation humaine de l'estuaire est ancienne et complexe. Les villages de pêcheurs (kampungs) travaillent ces eaux depuis des générations ; des fermes piscicoles flottantes élèvent encore des mérous et des barramundis dans des enclos amarrés au milieu du courant. La grotte aux chauves-souris — Gua Kelawar — traverse une colline karstique près du quai et abrite des chauves-souris frugivores et insectivores le long d'un sentier en bois qui nécessite des frais de conservation de 2 MYR par personne. Les grottes elles-mêmes conservent des fossiles marins dans leurs parois, preuve de la mer paléozoïque peu profonde qui a déposé la roche. La protection est arrivée tardivement mais s'est maintenue. L'exploitation forestière commerciale et l'extraction de charbon de bois ont autrefois éclairci ces peuplements ; le tsunami de l'océan Indien de 2004, que la ceinture de mangroves a amorti le long de certaines parties de la côte, a considérablement renforcé l'argument en faveur de la conservation. Aujourd'hui, le trafic maritime est agréé et dirigé depuis le quai touristique de la rivière Kilim, et les opérateurs travaillent selon les directives du géoparc qui limitent le nourrissage et restreignent l'accès aux zones de nidification sensibles. Les visites en bateau du parc géologique de Kilim sont devenues la principale attraction écologique de l'île, surpassant le téléphérique auprès des naturalistes. La géologie se lit clairement depuis l'eau. Les faces verticales du « Jardin Suspendu » portent des fougères et des figuiers enracinés dans la roche nue. La grotte aux crocodiles tire son nom de la forme de son entrée plutôt que de ses résidents. L'amplitude des marées modifie les canaux deux fois par jour, de sorte qu'aucun passage n'est identique. Les billets pour une excursion privée en bateau dans les mangroves de Langkawi donnent accès à un estuaire en activité plutôt qu'à un site mis en scène — les fermes piscicoles sont fonctionnelles, les pêcheurs pêchent, et les aigles étaient là en premier.